Í grunnskólalögum er kveðið á um að skólinn skuli haga störfum sínum í sem fyllstu samræmi við eðli og þarfir hvers nemanda og stuðla að alhliða þroska hvers og eins. Samkvæmt lögum eiga allir nemendur rétt á námi við hæfi í grunnskólum og sveitarfélögum er skylt að sjá öllum nemendum fyrir viðeigandi kennslu (aðalnámskrá grunnskóla 1999). Í sérkennslu Flataskóla er leitast við að finna leiðir til að mæta þessu hlutverki á sem bestan hátt og gera námið sem skilvirkast.

Helstu markmið sérkennslu eru:

• að styrkja sjálfsmynd nemenda
• að nemendur fái kennslu í samræmi við þroska og getu
• að styrkja nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum
• að treysta  samskipti við foreldra sem best.
   

Stjórnun sérkennslu er í umsjón Helgu Melsteð, deildarstjóra stoðþjónustu.