Skólanámskrá Flataskóla er unnin af starfsfólki skólans. Hún byggir á aðalnámskrá grunnskóla frá 2011 og lögum um grunnskóla frá 2008, auk skólastefnu Garðabæjar og annarrar stefnumörkunar frá sveitarfélaginu. Samkvæmt aðalnámskrá grunnskóla er skólanámskrá nánari útfærsla á ákvæðum aðalnámskrár grunnskóla. Þar gefst kostur á að laga opinber fyrirmæli að sérstöðu hvers skóla og staðbundnum aðstæðum og útskýra hvernig þær aðstæður eru nýttar til að efla nám og kennslu. Í skólanámskrá er gerð grein fyrir þeim gildum sem starf skólans byggist á. Í skólanámskrá eru útfærð þau almennu viðmið sem sett eru í aðalnámskrá. Að auki hefur Flataskóli sett sín eigin gildi og leiðarljós í skólastarfinu.